Charlotte Vanden Eynde fait partie de la deuxième génération de danseurs-chorégraphes diplômés de PARTS, l’école de danse contemporaine basée de renommée internationale basée à Bruxelles, dirigée par Anne Teresa de Keersmaeker. Pendant ses études déjà, elle ne passe pas inaperçue avec ses chorégraphies très personnelle, caractérisée par une grande qualité plastique et expressive: elle a créé les chorégraphies Benenbreken, Zij Ogen et Vrouwenvouwen. Après la fin de sa formation à P.A.R.T.S., elle fonde, avec Ugo Dehaes, la structure Kwaad Bloed qui lui permet de poursuivre ses recherches et ses expériences et qui chapeaute leurs projets respectifs.

En 2000, Vanden Eynde et Ugo Dehaes créent le duo très remarqué, Lijfstof. L’année suivante, elle crée deux installations-performances. Elle a collaboré avec le créateur de théâtre Jan Decorte pour les spectacles Amlett (2001), Cirque Danton (2002) et Cannibali! (2003). En 2002, elle a dansé dans le spectacle Most Recent de Marc Vanrunxt. En 2003, a eu lieu la première de MAP ME, un duo avec le comédien Kurt Vandendriessche. Depuis, elle a aussi élargi son champ d’action à d’autres formes artistiques comme le théâtre, le cinéma et vidéo-art: on a pu voir Charlotte Vanden Eynde jouer dans Meisje (2002), le premier film de Dorothée van den Berghe et dans Van Den Heiligen Drien, le court-métrage de Karen Vanderborght (2003).